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L‘Istituto di virologia di Wuhan ha assemblato un genoma del virus del vaiolo delle scimmie, consentendo di identificare il virus attraverso test PCR, utilizzando un metodo che i ricercatori stessi hanno definito pericoloso per la potenziale creazione di un “agente patogeno contagioso”.
Lo studio è stato pubblicato per la prima volta nel febbraio 2022, pochi mesi prima dell’ultima epidemia internazionale di casi di vaiolo delle scimmie.
L’articolo, che è stato scritto da nove ricercatori dell’Istituto di virologia di Wuhan e pubblicato sulla rivista scientifica trimestrale Virologica Sinica, segue anche l’uso su larga scala dei test di reazione a catena della polimerasi (PCR) per identificare gli individui positivi al COVID-19.
I ricercatori sembravano identificare una porzione del genoma del virus del vaiolo delle scimmie, consentendo ai test PCR di identificare il virus, nel documento: “Efficient assembly of a large fragment of monkeypox virus genome as a qPCR template using dual-selection based transformation-associated recombination“.
I virus del vaiolo delle scimmie – indicato come “MPXV” nel documento – ha ceppi che sono “più patogeni e [sono] stati segnalati per infettare gli esseri umani in varie parti del mondo”.
“La reazione a catena quantitativa della polimerasi (qPCR) è il gold standard per il rilevamento dell’orthopoxvirus (incluso MPXV). Per il rilevamento di pan-ortopoxvirus, il gene E9L (DNA polimerasi) ha dimostrato di essere un bersaglio eccellente per i saggi qPCR. Per il rilevamento di MPXV, Li et al. hanno riferito che il gene C3L (proteina legante il complemento) potrebbe essere utilizzato come bersaglio qPCR per il ceppo MPXV Congo Basin “, ha spiegato il documento prima di notare che la Cina mancava di informazioni genetiche sufficienti sul virus per il rilevamento della PCR:
“Poiché l’infezione da MPXV non è mai stata associata a un focolaio in Cina, il materiale genomico virale necessario per il rilevamento della qPCR non è disponibile. In questo rapporto, abbiamo impiegato TAR dual-selettivo per assemblare un frammento genomico MPXV da 55 kb che comprende E9L e C3L, due preziosi bersagli qPCR per il rilevamento di MPXV o altri orthopoxvirus“.
“Lo scopo principale dell’assemblaggio di un frammento del genoma MPXV è quello di fornire un modello nucleotidico per il rilevamento di MPXV“, ha ribadito lo studio, che si è basato sul processo di ricombinazione associata alla trasformazione (TAR) per isolare un frammento genomico del virus del vaiolo delle scimmie.
“Come strumento efficiente per l’assemblaggio di grandi frammenti di DNA fino a 592 kb di lunghezza, l’assemblaggio TAR è diventato essenziale per la preparazione di cloni infettivi di grandi virus DNA/RNA“, hanno spiegato i ricercatori.
Il documento ha riconosciuto che il TAR “applicato nella ricerca virologica potrebbe sollevare potenziali problemi di sicurezza, specialmente quando il prodotto assemblato contiene un set completo di materiale genetico che può essere recuperato in un agente patogeno contagioso“.
“In questo studio, sebbene un genoma virale a lunghezza intera sarebbe il modello di riferimento ideale per rilevare MPXV tramite qPCR, abbiamo cercato solo di assemblare un frammento virale di 55 kb, meno di un terzo del genoma MPXV. Questo prodotto di assemblaggio è a prova di errore, eliminando virtualmente qualsiasi rischio di recupero in un virus infettivo, fornendo al contempo più bersagli qPCR per rilevare MPXV o altri orthopoxvirus “, hanno ipotizzato i ricercatori.
Lo studio portato alla luce segue l’Istituto di virologia di Wuhan che ha condotto conduce ricerche simili su ceppi di coronavirus di pipistrello in grado di infettare gli esseri umani, pur ammettendo che le sue strutture mancavano di adeguati protocolli di sicurezza di laboratorio.
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